企業應對照《認定辦法》和本《工作指引》進行自我評價。
企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”（網址：www.innocom.gov.cn），按要求填寫《企業注冊登記表》（附件1），并通過網絡系統提交至認定機構。認定機構核對企業注冊信息，在網絡系統上確認激活后，企業可以開展后續申報工作。
企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，按要求填寫《高新技術企業認定申請書》（附件2），通過網絡系統提交至認定機構，并向認定機構提交下列書面材料：
1. 《高新技術企業認定申請書》（在線打印并簽名、加蓋企業公章）；
2. 證明企業依法成立的《營業執照》等相關注冊登記證件的復印件；
3. 知識產權相關材料（知識產權證書及反映技術水平的證明材料、參與制定標準情況等）、科研項目立項證明（已驗收或結題項目需附驗收或結題報告）、科技成果轉化（總體情況與轉化形式、應用成效的逐項說明）、研究開發組織管理（總體情況與四項指標符合情況的具體說明）等相關材料；
4. 企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標的具體說明，相關的生產批文、認證認可和資質證書、產品質量檢驗報告等材料；
5. 企業職工和科技人員情況說明材料，包括在職、兼職和臨時聘用人員人數、人員學歷結構、科技人員名單及其工作崗位等；
6. 經具有資質并符合本《工作指引》相關條件的中介機構出具的企業近三個會計年度（實際年限不足三年的按實際經營年限，下同）研究開發費用、近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發活動說明材料；
7. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書）；
8. 近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表（包括主表及附表）。
對涉密企業，須將申請認定高新技術企業的申報材料做脫密處理，確保涉密信息安全。
認定機構收到企業申請材料后，根據企業主營產品（服務）的核心技術所屬技術領域在符合評審要求的專家中，隨機抽取專家組成專家組，對每個企業的評審專家不少于5人（其中技術專家不少于60%，并至少有1名財務專家）。每名技術專家單獨填寫《高新技術企業認定技術專家評價表》（附件3），每名財務專家單獨填寫《高新技術企業認定財務專家評價表》（附件4），專家組長匯總各位專家分數，按分數平均值填寫《高新技術企業認定專家組綜合評價表》（附件5）。具備條件的地區可進行網絡評審。
認定機構結合專家組評審意見，對申請企業申報材料進行綜合審查（可視情況對部分企業進行實地核查），提出認定意見，確定認定高新技術企業名單，報領導小組辦公室備案，報送時間不得晚于每年11月底。
經認定報備的企業名單，由領導小組辦公室在“高新技術企業認定管理工作網”公示10個工作日。無異議的，予以備案，認定時間以公示時間為準，核發證書編號，并在“高新技術企業認定管理工作網”上公告企業名單，由認定機構向企業頒發統一印制的“高新技術企業證書”（加蓋認定機構科技、財政、稅務部門公章）；有異議的，須以書面形式實名向領導小組辦公室提出，由認定機構核實處理。
領導小組辦公室對報備企業可進行隨機抽查，對存在問題的企業交由認定機構核實情況并提出處理建議。
